Efter kortvariga engagemang i olika orkestrar
gjorde Mulligan år 1951 sina första egna inspelningar. Året därpå grundade han i Kalifornien sin berömda "pianolösa" kvartett med trumpetaren C Baker, basisten B Whitlock, och trumslagaren C Hamilton. De gjorde en rad framgånsgrika inspelningar 1952-1953. Pga Mulligans drogmissbruk överlevde inte kvartetten längre. Under sitt fortsatta liv turnerade Mulligan med Dave Brubeck, Chet Baker och Stan Getz m fl.