Vattenståndet är speciellt viktigt för sjöfarten genom att sjökortens vattendjup är angivna efter medelvattenståndet där avvikelser på flera meter kan förekomma. De faktorer som främst påverkar vattenståndet i det öppna havet är den aktuella lufttrycksskillnaden mellan två angränsande områden, ytvattenströmningen orsakad av vindhastigheten och på vissa platser på jorden, även månens dragningskraft på vattenmassan, s.k. tidvatten-fenomen. Det finns även fenomen som periodiska storskaliga nivåskillnader i vattenstånden i havet globalt sett som kan ge en viss inverkan.
I Skandinavien beror skillnaden i vattenståndet främst på de lufttrycksskillnader som kan uppträda över stora områden. Om lufttrycket över en stor del av Östersjön är högt i förhållande till lufttrycket över ett stort område i Nordsjön så pressas vatten ut ur Östersjön via Öresund och vice versa. Förloppen är långsamma genom de enorma vattenvolymer som sätts i rörelse och en ändring i vattenståndet som påverkar sjöfarten kräver att en stabil tryckskillnad kvarstår en längre tid, minst 1-2 veckor. Fenomenet märks tydligast på våren och försommaren genom att väderleken under den tiden domineras av högtryck över Östersjön i förhållande till Nordsjön som kan hålla i sig 3-4 veckor i sträck. Den normala variationen i Östersjön ligger på -0,5 m till + 0,5 m men kan i vissa fall nå upp till 1 meters skillnad. I det senare fallet kan det ha mycket stor betydelse både för yrkessjöfarten i de kustnära farvattnen men även för mindre fritidsbåtar där en uppstickande sten under vattnet i sjökortet plötsligt blir en farlig grynna. Även anläggningar i anslutning till kusten som är beroende av ett stabilt vattenstånd kan påverkas i hög grad vid stora ändringar i vattenståndet.
Även starka ihållande vindar över stora områden kan ge en avsevärd ändring i vattenstånden
